46. Eesti SS rügemendi koosseisu kuulusid 3 pataljoni ja 3 otse rügemendile alluvat kompaniid. Kolmes pataljonis oli kokku 12 kompaniid (igas pataljonis 4) ja otse rügemendile allusid 13. kompanii (jalaväe-saatekahurid), 14. kompanii (tankitõrje) ja 15. kompanii (pioneer).

46. Eesti SS rügemendi ülemaks oli Standartenführer Juhan Tuuling, kes peale vastase läbimurret 25. juuli 1944 viidi üle korpuse staapi. Eestis ei määratudki 46. rügemendile uut ülemat!

Tuulingu ajal oli adjutandiks Hauptsturmführer Lessing.

46. rügement jõudis Eestisse 15.-18. veebruari paiku. Mahaldaadimine toimus Toila ja Oru jaamades. Rügemendi staap asus kuni Narwa jõe joone maha jätmiseni Sininõmme metsaga kaetud küngaste sees, mis oli punkreid täis ehitatud. 46. rügement paigutati Narwa rindele nii, et 46/II oli põhjapoolseim Eesti diviisi pataljonidest, olles kaitsel kaares riigi sillapea ees. 46/I positsioon algas Riigi sillapea lõunaservast ja lõppes Vaasa küla ja Vepsküla vahel. Sügavuti oli pataljonide vaheliseks piiriks mõtteline joon Riigi sillapea lõunaservalt Sininõmmele. Alguses proovis vaenlane 46/I lõunapoolses otsas Vaasa sillapeast Riigi suunas tungida, et sillapäid ühendada. Ainuke selline katse õnnestus 19. veebruari öösel ajal kui Eesti diviis valmistus sakslastelt rinnet üle võtma kuid 46/5. kompanii taastas kiiresti endise olukorras ja pärast seda venelaste katsed sillapäid ühendada enam ei õnnestunud.
23.02. või 24.02. hommikul saadeti tõenäoliselt Tuulingu poolt (vastupidiselt eelmisel päeval tehtud plaanile sillapea kaevikut rullida) Riigi sillapead üle lageda välja ründama 46/2. kompanii löögirühm, mille venelased kerge vaevaga hävitasid. Kuna sillapea asus jõe ääres täiesti lagedale maastikule kaevatud kaevikus, loobuti pärast esimese rünnaku ebaõnnestumist üle lageda ründamise mõttest. On väidetud, et juba 23.02 vallutati 300 meetrit vastase kaevikut, kust 24.02 46/II 26 meheline rünnakrühm Oberscharführer Rein-Oskar Männiku juhtimisel jätkas ja pärast 12,5 tundi kestnud kaeviku käsigranaatidega rullimist vallutas Riigi sillapea ilma omapoolsete kaotusteta! Punastel jäi maha umbes 400 laipa ning järgmisel päeval, 25. veebruaril, jagas 46. rügemendi ülem Tuuling välja 55 2. klassi Raudristi!
Vaasa küla vallutati 45. rügemendi võitlejate poolt 29.02 ning küla ees oleva hästi kindlustatud venelaste kaitsekraavi vallutamine tehti ülesandeks 46/I pataljonile. Ülesande täitmiseks loodi löögirühm, millel õnnestus nimetatud kaevik vallutada 01.03. Löögirühma juht Unterscharführer Harald Nugiseks sai nende võitluste eest Raudristi Rüütliristi! 30.03. andis 46/II pataljon oma senise rindelõigu üle 660. Idapataljonile ning viidi veoautodel tükk maad Sininõmme poole. 04.03 hommikul aga läks 46/II Vepsküla kohale 45/II pataljoni rindelõiku abiks ning kohe alustati rünnakut. Kahe pataljoni ühine rünnak algas Vepsküla ja Siivertsi küla lõigus ning oli juba mitmendat päeva käimas ka 45/I (surnuaedade) lõigus.
Miilender 46/8. kompaniist arvab, et likvideeris oma grupiga viimase venelaste tugipunkti Narwa jõe läänekaldal. tema väike grupp puhastas jõe ääre Siivertsi küla kohal venelastest 6. märtsi õhtuks kella 23.40'ks. Siivertsi küla lõunaserva ning surnuaia põhjaserva vahel jõkke suubunud magistraalkraavi Narwa-Narwa Jõesuu maanteel ületanud silla all olnud venelaste sidumispunktist võttis ta ka hulga venelasi vangi.
Sillapeade likvideerimisega jõe läänekaldal oli 46/II kaotanud enamuse oma koosseisust ning läks Riigiküla taha Sininõmmele saama ning välja õpetama ühte täiendust. Rindele tuli 46/II tagasi 1. mail, vahetades välja 46/I pataljoni.
18.03 aitas 46/I likvideerida venelaste sissemurret 45/II lõigus. Aprillis 1944 nimetati 660. Idapataljon ümber Eesti diviisi 46/III pataljoniks. tegelikult oli "uus" pataljon Narwa rindel samal rindelõigul juba alates 3. märtsist ning jäi sellele lõigule kuni Narwa rinde murdumiseni 25.07. 660. Idapataljoni lõigus oli tõsiseim sündmus sel kevadel 17.03 venelaste rünnak, mille pataljon vapralt tagasi lõi.
24. juulil läks 46/7. kompanii oma pataljoni juurest ära abiks 45. rügemendile Auvere lahingusse. 25. 07 hommikul alanud suurrünnakus murdsid 2 punaste pataljoni 46/II ja 46/III kaitseliinidest läbi. 46/II lõigus Riigiküla juurest ja 46/III lõigus Kudruküla juurest. Paljud 46/II ja 46/III lahkusid positsioonidelt, paljud aga võitlesid erilise vaprusega, millest olid ka nende suured kaotused. Mõnedel 46. rügemendi kompaniidel lõppes selles lahingus laskemoon, mille enamuse oli kõrgem juhatus jõe joonelt taganemise hõlbustamiseks käskinud päeva või paari eest ära viia. Sama lugu oli laskemoonaga ka suurtükiväe nendel patareidel, kes pidanuks 46. rügemendiga koostööd tegema. Peale taganemise ei jäänudki laskemoonata meestel muud üle. Pärast Narwa rinde kokkuvarisemist ja maha jätmist võitles üksikuid 46. rügemendi osi ka Sinimägedes, peamiselt 46/I pataljonist. 46/II läks rindele Krivasohu ja 46/III terveks jäänud mehed olid vist numbrita üksusena kusagil Krivasoo läheduses varus.
8. augusti paiku läks 46/I Kurtna laagrisse puhkusele. Augusti teisel nädalal sai 46. rügemendi staabist "Kampfgruppe Rebane" staap. 46/I pataljon läks 20. augusti paiku rindele Lõuna-Eestisse "Kampfgruppe Vent" I pataljonina ja 46/II pataljonist, mis 22.08 Krivasoost otse Lõuna-Eestisse sõitis sai ka "Kampfgruppe Vent" II pataljon.
Emajõe rinde kokkuvarisedes 17.09 taganes 46/II koos saksa üksustega üle Viljandi Läti piiri poole.
46/I aga läks Kurtnasse või Kuremäele, arvatavasti juba ennem Emajõe rinde kokkuvarisemist ning tõenäoliselt täienduse saamise eesmärgil. Nii sattus 46/I Kirde-Eestist taganenud üksuste hulka.